Durante la década del 2000, el CER-UNI consolidó su rol como referente nacional en el desarrollo e implementación de tecnologías de energías renovables, ampliando su impacto tanto en electrificación rural como en investigación aplicada.
En el año 2000, se culminó la electrificación de 421 viviendas rurales mediante sistemas fotovoltaicos domiciliarios, beneficiando a comunidades de la isla Taquile (224 viviendas), Amantaní (52), Uros (109), Soto (13), Suasi (5) y la comunidad ribereña de Huancho Lima (18). Este esfuerzo representó una de las intervenciones más significativas en acceso a energía en zonas rurales del país.
En 2001, el CER-UNI fue reconocido como la instancia académica universitaria encargada de administrar un laboratorio de verificación de la calidad de componentes de sistemas fotovoltaicos domiciliarios para electrificación rural, brindando además servicios especializados en este campo.
El posicionamiento internacional del centro se evidenció en 2004, cuando fue convocado para integrar un proyecto multinacional junto a Paraguay, Argentina, Uruguay y Chile, orientado a la introducción de tecnologías de energías renovables para usos productivos en el ámbito rural. Este proyecto contó con financiamiento de la OEA por aproximadamente 100 mil dólares para el Perú.
En 2007, el CER-UNI obtuvo un importante reconocimiento al ganar la primera convocatoria de fondos concursables FINCyT con el proyecto “Propuesta técnica de confort térmico para viviendas de comunidades ubicadas entre 3 000 y 5 000 msnm en el Perú”, con un financiamiento cercano a los 130 mil dólares.
Como resultado de estas iniciativas, en 2008 se logró la energización de comunidades aisladas en Ayacucho —San Francisco de Raymina y San José de Tía, en la provincia de Vilcashuamán— mediante tecnologías de energías renovables orientadas a usos productivos. Asimismo, en 2009 se concluyó exitosamente el proyecto de confort térmico, implementando mejoras en viviendas existentes y construyendo nuevas viviendas con diseño bioclimático, junto con sus respectivos paquetes tecnológicos.
Durante el periodo 2007–2009, los resultados de estas investigaciones fueron presentados en congresos internacionales en Argentina (ASADES) y México (ANES), fortaleciendo la visibilidad del CER-UNI en la comunidad científica regional.
En 2010, el CER-UNI continuó ampliando su impacto al obtener financiamiento del Banco Interamericano de Desarrollo (BID), a través del programa IDEA, con un fondo aproximado de 200 mil dólares para el desarrollo de proyectos de uso productivo de energías renovables en San Francisco de Raymina, Ayacucho. Ese mismo año, fue convocado por el Ministerio de Vivienda para desarrollar un estudio de confort térmico en comunidades altoandinas de Huancavelica, el cual culminó satisfactoriamente a mediados de 2011.